Город республиканского значения; образует Черкесский городской округ.
Является главным промышленным, административным, экономическим и культурным центром республики.
Город расположен в северной части Карачаево-Черкесии на правом берегу реки Кубань.
Граничит с Абазинским районом на западе, Адыге-Хабльским районом на севере, Прикубанским районом на востоке и юго-западе и Усть-Джегутинским районом на юге.
На западе, на протяжении всего города тянется изрезанное побережье Кубани.
Средние высоты на территории города составляют 530 м над уровнем моря.
Главной водной артерией для города является река — Кубань.
Также гидрографическая сеть представлена малыми реками — Овечка, Топка и Абазинка (Тохтамыш).
К юго-востоку от города проходит Большой Ставропольский канал.
К востоку от города расположены два крупных резервуара пресной воды — Кубанское водохранилище и озеро Малое.
К западу от города в районе «Зелёный остров» имеется каскад искусственных водоёмов.
Особенно большое скопление прудов имеется в северо-западной части города, они используются в основном для орошения садовых участков.
Среднегодовое количество осадков составляет около 650 мм.
Городской транспорт представлен троллейбусами и автобусами.
Также действует железнодорожная станция Черкесск Северо-Кавказской железной дороги, на тупиковой ветке Невинномысская — Джегута.
Пригородное пассажирское железнодорожное сообщение по маршруту Черкесск — Невинномысская через станцию осуществляется рельсовыми автобусами РА1 (ранее, до 2009 года, в обращении был пригородный поезд Джегута—Невинномысская).